В 1699 году по призыву помещиков Иевы и Дадзиборга Шостовицких сюда прибыли монахи доминиканского ордена из Вильнюса, и в прекрасном месте между озёрами Циришу и Эглес построили деревянную церковь. В 1768—1789 годах вместо старой церкви была построена церковь из кирпича в стиле барокко вместе с примыкающим к ней зданием монастыря. Церковь была построена в честь Вознесения Богоматери, а над главным алтарём находится икона Пресвятой Богородицы, выполненная неизвестным художником в XVII веке.

После восстания 1863 года российские власти запретили принимать в католические ордена новых послушников, в конце XIX века в Аглоне умер последний доминиканец и храмом стали управлять епархиальные священники. В 1920 году в Аглоне был рукоположён первый латышский епископ — Антоний Спрингович, сделавший Аглону центром возрождённого Рижского епископства.

В июльские дни 1944 года при приближении фронта священник вывез икону и сохранил в сарае на хуторе, потом икона вернулась в алтарь церкви.

В 1980 году в связи с 200-летием церкви папа Иоанн Павел II присвоил Аглонской церкви статус «basilica minoris» («малая базилика»).