Согласно изложенному в летописях преданию, Елецкий Успенский монастырь был основан на месте чудесно найденной на одной из елей 3 февраля (или 3 ноября) 1060 года иконы Пресвятой Богородицы. От этих елей получили название и икона и обитель. Основателем монастыря считается киевский князь Святослав Ярославич. В 1069 году в этом монастыре жил «отец русского монашества» преподобный Антоний Печерский. В середине XII столетия на том месте, где нашли святую икону, строится 25-метровый Успенский собор.
В 1239 году, в ходе монголо-татарского нашествия монастырь был разграблен и разорён. В начале XVI века, по итогам русско-литовской войны, Чернигов входит в состав Московского княжества. С этого времени начинается возрождение Елецкого монастыря, здесь селятся монахи из России. После того, как в 1618 году Чернигов оказывается «под Польшей», монастырь вновь разоряется, монахи бегут, а Успенский собор разрушается. После 1623 года польские власти передают монастырь униатам, которые его ремонтируют и восстанавливают. Униатский игумен Елецкого монастыря Кирилл Транкилион-Ставровецкий печатает в 1646 году первую в Чернигове книгу — своё сочинение Перло многоценное.
В 1649 году поляки были из Чернигова окончательно изгнаны, и монастырь вновь становится православным. Среди его игуменов были такие церковные и культурные деятели, как Димитрий Ростовский, Лазарь Баранович, Феодосий Черниговский, Иоанникий Галятовский, и другие. Последний реконструировал Успенский собор, построил трапезную Петропавловскую церковь, устроил в монастыре библиотеку и заказал пышный иконостас (погиб от зажигательной бомбы в 1941 году).[2] В первой половине XVII столетия иноком монастыря Сергием составлено «Слово о некоем старце», рассказывающее о паломничестве в Святую землю.
Монастырь был на Украине богатым собственником. До 1786 года, когда по указу Екатерины II, была проведена секуляризация, Елецкому монастырю принадлежали почти 2,5 тысячи крепостных душ, 8 трактиров, винокурня, 9 мельниц, 7 пекарен и т.д.
В 1921 году монастырь был закрыт; вновь передан церкви в 92-м году XX века. Сейчас на его территории существует женский монастырь.