Считается, что обитель возникла в конце XII или начале XIII века и была основана греческими монахами-миссионерами, которые принесли с собой чудотворную икону апостола Иоанна, написанную в VI столетии в Византии мальчиком-сиротой. Образ этот стал главной святыней Богословского монастыря.