В начале XVII века на посаде Уфимской крепости, на склоне оврага построили одну возле другой две деревянные церкви: в честь Покрова Пресвятой Богородицы (холодную) и во имя Святителя и Чудотворца Николая (теплую), существовавшую уже в 1617 году. В Покровской церкви хранилась старинная икона Покрова Пресвятой Богородицы.
Строительство каменного храма начал уфимский купец Д. С. Жулябин. Придел во имя св. Николая освящен в 1817 г. В 1823 году освящены главный храм и придел, обновленный после пожара 1821 года. Закрыта в 1941 г. В течение некоторого времени использовалась как аптечный склад. Вновь открыта в 1957 году.