Монастырь основан в первой половине XV века преподобным Макарием Желтоводским и Унженским. Желтоводским назван по Жёлтому озеру, на берегу которого святой Макарий основал обитель. Волга, меняя своё русло, со временем поглотила озеро, и монастырь оказался на волжском берегу.