Монастырь основан в середине XV в. старцем Никитой, родственником, учеником и последователем преподобного Сергия Радонежского.
В 1559 г. началось строительства Богоявленского собора - первого каменного сооружения Костромы. В период Смуты монастырь был захвачен поляками и разграблен. В последующее время монастырь был восстановлен, возобновилось каменное строительство, но собор утратил свой первоначальный облик, оброс новыми постройками и стал частью нового собора.
Сейчас Богоявленский собор состоит из двух частей: красной церкви с темными куполами XVI в. и белый соборXIX в., внутри которого справа от иконостаса находится чудотворная икона Феодоровской Богоматери XIII в., с которой связаны многие чудеса и предания.